Para la correcta elaboración de la sidra solamente se debe meter en toneles o pipas de madera de castaño, sobre todo si estamos hablando de sidra natural, hecha con procedimientos y métodos tradicionales. Actualmente las grandes industrias utilizan depósitos de acero inoxidable o fibra de vidrio, y por supuesto la diferencia en calidad, entre tenerla en recipientes de madera u otros no se discute, se comprueba fácilmente. Los toneles y pipas han de ser cuanto más grandes mejor, ya que el mosto aquí metido fermenta bien y más lentamente. Una pipa contiene 456 litros aproximadamente.
Los toneles se deben recalcar, es decir, ajustar los aros de hierro sobre la madera para que trabajen bien los listones de madera que unen las dos caras del tonel. Los toneles tienen que estar muy bien asentados, utilizando cuñas y cualquier madera, con el objeto de que el tonel no se mueva nada. Para evitar que pueda haber filtraciones se utiliza el sebo, líquido hecho a base de una parte de resina y tres partes de grasa de ternera. Esto se pone al fuego al baño María para que se funda lentamente y se aplica con un pincel o brocha en caliente en todas las superficies a juntar o taponar. Este sebo es inodoro e insípido y en contacto con la sidra no le trasmite absolutamente ningún sabor ni olor en particular. También se aplica dentro o fuera del tonel para tapar posibles poros o fugas que pueda haber.
En la parte de arriba del tonel está la zapa, que es un agujero por el cual se vierte el mosto y por donde salen las sustancias sucias (espumas y restos) debidas a la fermentación. Los toneles y pipas, tanto si son nuevos como viejos, han de lavarse a fondo muy bien, de lo contrario transmitiremos al mosto sabores y olores desagradables. Si son nuevos, se les pone vapor de agua para también soltar los restos de madera nueva. Deben lavarse con agua algo caliente, y posteriormente se suelen aclarar con el primer mosto que salga del llagar. Si son usados, simplemente se lavan con agua corriente (a presión si se puede) y con cepillo de raíces, retirando de dentro del tonel todos los restos de agua. El cepillo debe de pasarse paralelo a la duela para sacar mejor los restos sólidos que hayan quedado de años anteriores. En el mercado también existen diversos productos químicos para estas operaciones.